Het vaginoom als mogelijke triagemarker voor een persisterende HPV infectie die kan leiden tot baarmoederhalskanker

Een persisterende infectie met hoog-risico humaan papillomavirus (hrHPV) is de belangrijkste factor voor de ontwikkeling van afwijkingen in de baarmoederhals en het ontstaan van baarmoederhalskanker. Ongeveer 80% van de vrouwen loopt in haar leven een HPV infectie op, toch is het risico op kanker relatief laag. hrHPV infectie is noodzakelijk maar niet de enige factor die bijdraagt aan de ontwikkeling van baarmoederhalskanker. Er zijn aanwijzingen dat vaginoom afwijkingen, zoals een disbalans van micro-organismen in de vagina, cofactoren kunnen zijn voor een persisterende hrHPV infectie.
Een eerste analyse van ongeveer 1000 uitstrijken (waarvan de helft hrHPV-positief) die in het HPV expertisecentrum van het Jeroen Bosch ziekenhuis getest werden op aanwezigheid van een beperkt aantal verschillende bacteriesoorten liet zien dat dat in het hrHPV-positieve cohort statistisch significant meer vaginoom afwijkingen voorkwamen dan in het hrHPV-negatieve cohort. Daarom hebben wij een haalbaarheidsonderzoek gestart met als doel te bepalen of het vaginoom (het geheel van bacteriën, schimmels en virussen in de vagina) in kaart gebracht kan worden. Voor dit onderzoek hebben wij gebruik gemaakt van een subgroep van 120 uitstrijken.
We hebben verschillende methoden onderzocht (MolYsis, Swift, Ceres) voor het opwerken van cervicale uitstrijken en het isoleren van DNA. Het is en blijft lastig om de grote hoeveelheid “achtergrond” humaan DNA te verminderen. Alle onderzochte opwerkingsmethoden hebben een bias richting Gram negatieve bacteriën en HPV vinden maar in een enkel sample terug. We hebben van alle 120 uitstrijken de microbiële samenstelling (vaginoom) in kaart gebracht (metagenomische approach) en een community state type toegekend. Daarnaast is er een multiplex PCR ontwikkeld voor een targeted approach, op deze manier richten we ons op detectie van bacteriën, schimmels en HPV en hebben we minder last van humane achtergrond.
Het verkrijgen, opslaan en uitwisselen van sequence data tussen de hogeschool en het Jeroen Bosch ziekenhuis bleek complex. Beide instellingen hebben te maken met zeer streng beveiligde systemen en werken bij voorkeur niet in clouds met resultaten van patiënten materialen. We hebben extra funding van Fontys CoE HTSM ontvangen (najaar 2023) om ICT vraagstukken in dit project nader te onderzoeken.
Er is een RAAK Publiek aanvraag geschreven om dit onderzoek te kunnen continueren aangezien er vele nieuwe onderzoeksvragen zijn ontstaan.

Een persisterende infectie met hoog-risico humaan papillomavirus (hrHPV) is de belangrijkste factor voor de ontwikkeling van afwijkingen in de baarmoederhals en het ontstaan van baarmoederhalskanker. Ongeveer 80% van de vrouwen loopt in haar leven een HPV infectie op, toch is het risico op kanker relatief laag. hrHPV infectie is noodzakelijk maar niet de enige factor die bijdraagt aan de ontwikkeling van baarmoederhalskanker. Er zijn aanwijzingen dat vaginoom afwijkingen, zoals een disbalans van micro-organismen in de vagina, cofactoren kunnen zijn voor een persisterende hrHPV infectie.
Een eerste analyse van een kleine 1000 uitstrijken (waarvan de helft hrHPV-positief) die in het HPV expertisecentrum van het Jeroen Bosch ziekenhuis getest werden op aanwezigheid van een beperkt aantal verschillende bacteriesoorten liet zien dat dat in het hrHPV-positieve cohort statistisch significant meer vaginoom afwijkingen voorkwamen dan in het hrHPV-negatieve cohort. Dit motiveert ons een haalbaarheidsonderzoek te starten met als doel te bepalen of het vaginoom (het geheel van bacteriën, schimmels en virussen in de vagina) kan dienen als triagemarker voor een persisterende hrHPV infectie, die kan leiden tot baarmoederhalskanker. In dit onderzoek willen we het gehele vaginoom in kaart te brengen van een subgroep van vrouwen met en zonder hrHPV infectie. Sequencing technologieën zijn bij uitstek geschikt voor het in kaart brengen van een diversiteit aan micro-organismen op basis van hun genoom, maar kunnen arbeidsintensief zijn en genereren complexe data waardoor er een IT structuur voor (beveiligde) opslag en analyse nodig is.
Samen met het HPV expertisecentrum en MKB partners willen we onderzoeken welke sequencing methode de meest betrouwbare resultaten geeft en het best bruikbaar is in een diagnostische laboratoriumsetting. Daarnaast zal onderzocht worden hoe we om moeten gaan met de gegenereerde data en opslag daarvan.